Recientemente he dado el salto a PixInsight desde DSS y Startools. Este programa es mucho más completo ¡Y complejo! que los anteriores. Afortunadamente en Internet hay bastantes recursos, la mayoría en inglés pero asequibles.
Respecto al preprocesado de imágenes (calibrado, registro y apilado de imágenes) encontré este fantástico tutorial de preprocesado con PixInsight que explica el procedimiento de manera muy sencilla. PixInsight tiene un script que automatiza bastante todo este proceso pero al estar muy automatizado no consigue los mismos resultados que el apilado «manual».
En cualquier caso, incluso utilizando el script batchpreprocessing el resultado de apilado es bastante mejor que el obtenido con DeepSkyStacker que era el programa que utilizaba hasta ahora. Para muestra un botón:
Como se puede apreciar, el apilado con PixInsight es mucho menos ruidoso.